圣经与科学之间所谓的矛盾
神迹
自以为有科学头脑的人与信仰神的人之间最大的冲突是神迹的问题。对于自然主义者来说，神迹是一块绊脚石。我们应该如何应对怀疑者呢？以下三点值得指出：
第一，这个问题在本质上不属于科学范畴，而属于哲学范畴。一个人对于现实本质所持的前设决定了他对神迹的看法。如果神存在，那他就可以做任何事情。如果这样一位神真的存在，且又选择临到这个自然世界，那他怎么会不具有超人类的力量呢？另一方面，如果一个人的前设排除灵界的存在，也不相信有一位随己意介入人类事物的神，那无论有多少历史事实甚至“科学（实验）证据”都无法使他相信神迹。
第二，从实证的角度来讲，神迹属于历史问题，不属于科学问题。科学家的工作是观察、检验和实验。证明是以观察和实验为依据的。如此说来，根本不存在有关神迹的历史证明。而历史证据是存在的，其可信度取决于证人的可信度，取决于那些见证了某一事件的人是否有资格评论它，是否值得信赖能够忠实地记录。圣经中神迹的历史证据可谓登峰造极—见证人比比皆是，极具资格，极其正直。神迹不是科学问题，而是历史问题。
第三，圣经中的神迹不像神话中的神迹那样轻率和密集。圣经中的每个神迹都有意义，而且与圣经教导相关。不但如此，圣经所记载的神迹总是集中发生，而且似乎总是集中在一个时代的开始，以证明神的介入，亚伯拉罕、摩西、约书亚、南北国时期的先知、基督以及使徒时期的教会都经历了神迹。这并不意味着神迹本来就不能经常出现。然而，如果神迹成为常事，就消减了神介入的意义。即使是非凡的事情，如果频繁发生，也不会持久非凡，超凡之事很快就变为平凡，超自然之事变成家常便饭。
圣经中的每个神迹都是严肃的：为饥饿的人供应饼，指向生命的粮，让死人复活。这些神迹彰显了神的大能并指向生命战胜死亡的最终胜利。基督所行的神迹都是彰显他的神性与品格的记号，显明他为充满怜悯和慈爱的神。基督拒绝用他的大能喂饱自己或施展奇招博得人的喝彩。圣经中的神迹饱含深意。
科学理论
那么，与圣经叙述冲突的科学理论以及与圣经解释冲突的科学事实呢？在思考科学理论和圣经记载时，需要谨记两个指导方法：
1. 神给人圣经不是用作科学教科书。如果把圣经当成科学教科书，就是对它的滥用。我们不应当试图根据圣经中有关生物学的资料编出一本生物学课本，当圣经涉及生物学或其他科学时所言是正确的，但启示的目的并非教授这些学科。
2. 并非所有的科学理论都已被证明。将伽利略和地平说的问题与达尔文和生物进化的问题相提并论，这样做是错误的。人类的进化是个假设，科学界对此存在相当大的争议，而地球的形状已经得到一致证明。因此，当我们试图解决圣经资料与科学数据之间的矛盾时，必须从我们自然世界已经证明的事实出发，而不是科学理论。
当圣经与科学理论发生冲突时，我们必须确定看似与科学实验得出的数据相冲突的圣经解释是最终的、有权威的解释。例如，那些似乎指出地球是平面的或者宇宙有三层的经文，并不代表相关经文唯一正确的解释，将神创造万物的时间定为公元前 4004年的解释，也并没有自诩是对圣经资料唯一正确的解释。
最重要的是，科学事实与圣经事实不可能产生冲突，因为神是一切真理的神，“自然之书”和“神的启示之书”都出自神。当两者似乎发生冲突时，要么是自然事实被误解，要么是对圣经的解释有误。
