一个严格的自然主义者不容许圣经中或其他地方存在任何超自然的东西。有些释经者持这种观点，还有一些则不那么偏执，承认圣经中的确有一些超自然元素。那些从自然主义角度解释圣经的人认为，他们必须尽可能地减少或彻底排除不为他们的理性所接受的元素，因为圣经毕竟是由人写成的。自然主义释经法形形色色，在这里我们将主要探讨过去四个世纪中对现代人影响最广的三种：（1）在 17 世纪占主导地位的理性主义（rationalism）；（2）在 19 世纪成为主流的圣经批判学（literary criticism）；（3）在 20 世纪后半叶影响力日益加强的文化相对主义（cultural relativism）。
理性主义
圣经是合乎理性的，因它诉诸人的心思意念。事实上，圣经的目的就是要将人的心思意念从属世流行的思想中更新转变（罗 12:2）。圣经是理性的，因为它完全真实，且从不自相矛盾。基督徒应该以理性而不是非理性的方式对待圣经。但是，理性主义释经却意味着一套源于自然主义世界观的释经体系。一个理性主义者以他个人的理性推理作为最终权威。这一观念也表现在理性主义释经者的前设中：凡不能通过当代经验或理性思维验证的，就不是真的，因此也就不可能是神的话。理性主义者决定一种教导正确与否的最终标准就是他的自主推理。
对于一个理性主义者来说，圣经存在着三类问题，这三类问题一直是他们的绊脚石，使他们无法接受圣经的真确性和权威性。首先，圣经中的某些教导被认为在道德上与神不配。大卫求报复仇敌的祷告（咒诅诗）以及剿灭迦南人的命令，就是这类无法接受的元素。理性主义者并不试着将圣经中那些（对他个人来说）较能接受的教导与这些元素调和，而只是简单地断言这些经文不是神的话。近些年来，又有许多其他圣经教导被理性主义者归入了这一类别。圣经中对于离婚、妇女在婚姻中的角色以及顺服掌权者等教导，都因在所谓的道德层面上站不住脚而被弃绝。另外两个被理性主义者否定的元素，是神迹和圣经中看似与其他经文相矛盾的记载（比如彼此不一致的历史资料）。
宗教改革之后，借助科学的进步，理性主义释经原则的传播速度大大加快了。突然间，人们在圣经中发现了大量的问题，这是以往任何时候都不能比的。对于理性主义释经者来说，任何自然、生物科学理论都比圣经对同一课题的论述更容易接受，更接近现实。这种观点迅速导致了圣经中有关创造的教导与进化论之间的激烈冲突。随着科学的进步，圣经中一些历来被人们接受的解释开始显得与新兴科学理论相冲突，而理性主义者则倾向于相信科学理论。
圣经与自然及生物科学理论的冲突虽然十分强烈，但还是有限的，因为物质世界毕竟不是圣经启示的焦点。但自从行为科学在 19 世纪诞生以来，圣经中无法被理性主义者接受的教导开始迅速增多。心理学和社会学也同样着眼于人，包括人的本质、人际关系，以及什么使一个人完整，如此一来，这两门科学便径直侵入了圣经启示的核心地带。争论的议题迅速覆盖了圣经中的大部分教导。
以上所论述的是那些所谓世俗理性主义者或者启蒙运动的理性主义者。但是，当我们说到以理性主义为前设的释经方法时，主要指的不是信徒和非信徒之间的冲突，即那些希望理解圣经的人与那些攻击圣经的理性主义者之间的冲突。我们所说的是指通过理性主义前设理解圣经的人。这些人依靠理性推理或者“科学方法”来分辨经文的意思以及可能从中找到的神的信息。
理性主义释经者以他自己的理解（或是别人的理解）作为最终权威，以此来衡量圣经中的各种元素。如果圣经中有错误，总得有个人来决定什么是错的，什么是对的。 对于理性主义释经者来说，如何定夺最终取决于人的推理。在这个基础上，理性主义者就无法接受圣经中的神迹，这是因为：其一，他自己没有亲身经历过神迹；其二，也没有办法用科学试验来检验有关神迹报道的真实性。因此，圣经中的神迹只可能有两种解释，要么是人们对自然现象的误解，要么是由一段历史或想象出来的事件演变而来的民间神话。
例如，理性主义释经者会说，过红海实际上是过“芦苇海”[1]，它是一片很浅的沼泽地，逃亡的以色列人能够从上面走过去。同样，但以理的预言并非出自但以理本人，而是其他人在这些事件发生之后写成的。基督也并没有喂饱五千人，相反，他以那个男孩的慷慨激励众人都拿出自己那一份，慷慨地和他人分享。理性主义释经的前设是：神迹是不可能的。因此，理性主义释经者不是通过历史学家所常用的方法验证这些历史事件的真实性，而只是简单地将它们当作不可接受的事件予以剔除。他们用同样的方法摒弃圣经中被认为是道德上难以接受的教导以及看似与其他历史证据或者当代科学理论冲突的经文。
用理性主义观点解释圣经的最终结果就是，不存在确切的神的话语。也就是说，圣经本身并不具有独立的权威，人的推理才是判断一句话是否是从神而来的最终权威。
[1] 芦苇海的英文是Reed Sea，红海的拼写是Red Sea。—译者注
